Fusion de Recursion et Exscientia crée un nouveau leader de la découverte de médicaments par IA

Nouvelle méthodes de découverte de médicaments

Découvrir de nouveaux médicaments est devenu de plus en plus coûteux et complexe au cours des dernières décennies, les nouvelles thérapies coûtant plus d’un milliard de dollars à développer.

Cela s’explique en partie par le fait que tous les fruits à portée de main ont déjà été cueillis, comme les plantes médicinales connues et les biochimiques « faciles » à trouver.

Un autre facteur est que les maladies pour lesquelles on n’a pas encore trouvé de traitement efficace sont les plus complexes, souvent causées par un dysfonctionnement complexe du corps (diabète, Alzheimer, cancer, obésité, etc.) ou des causes difficiles d’accès (par exemple les parasites et les virus comme le VIH ou le paludisme, très doués pour échapper au système immunitaire).

Cela signifie que, pour découvrir de nouvelles molécules aujourd’hui, il faut envisager des centaines de milliers voire des millions de composés avant d’en retenir quelques-uns.

C’est une tâche ardue, et également un processus coûteux.

Heureusement, les progrès de l’IA et du calcul ont rendu possible le traitement d’un volume astronomique de données, à un coût bien moindre en dollars et en temps.

Et deux entreprises fusionnent maintenant pour accélérer l’adoption de la découverte de médicaments guidée par l’IA.

Fusion d’Exscientia et Recursion

Le 8 août 2024, la fusion d’Exscientia avec son pair plus grand, Recursion Pharmaceuticals (RXRX ), a été annoncée.

Les deux sociétés avaient développé leurs propres processus pour exploiter l’IA et l’automatisation afin d’accélérer la découverte de médicaments, tout en réduisant les coûts.

Un argument fort en faveur de la fusion est que les technologies des deux sociétés sont très complémentaires. Nous examinerons en détail ci‑dessous les deux entreprises, mais la vue d’ensemble est la suivante:

• Recursion se concentre sur les opportunités « premier dans la maladie », grâce à une compréhension plus approfondie des mécanismes biologiques.
• Exscientia se concentre sur les médicaments « best‑in‑class », avec une expertise en chimie de précision et en synthèse moléculaire.

Ainsi, ensemble, l’entreprise combinée bénéficie non seulement d’une échelle supplémentaire pour économiser sur les frais généraux et la conformité réglementaire (généralement l’objectif des fusions dans la biotechnologie), mais aussi de la combinaison d’une excellence en synthèse chimique ET d’une expertise biologique.

Exscientia

L’entreprise utilise l’IA pour développer des thérapies de précision.

Elle exploite une technologie de découverte de médicaments par IA « full stack » avec des logiciels dédiés à chaque étape du processus de découverte.

Ainsi, au lieu d’examiner les molécules existantes, l’IA Precision Design d’Exscientia conçoit des molécules personnalisées correspondant à la cible identifiée par son IA Precision Target.

Source: Exscientia

La technologie d’Exscientia réduit de 70 % le temps nécessaire pour passer d’une cible biologique à la découverte d’un médicament correspondant et rend le processus 80 % plus efficace en capital.

Une partie des économies de temps et de coûts provient d’un processus hautement automatisé, avec une « automatisation robotique complète sur l’ensemble du cycle d’expérimentation ».

Cela a abouti à 4 composés en phase clinique précoce, 30 programmes au total, et 6,5 Mds $ de revenus provenant d’étapes clés avec des partenaires. Le principal focus a été l’oncologie (cancer) et les maladies inflammatoires.

Source: Exscientia

Recursion Pharma

Recursion Pharmaceuticals exploite l’IA dans la découverte de médicaments. Plus les IA sont impliquées dans la découverte et le développement de médicaments, plus les données deviennent précieuses pour entraîner les IA.

La biologie est un domaine extrêmement complexe, avec des données intégrées et vérifiées parfois rares. C’est un problème sérieux, car toute erreur crée des biais, des limitations et des erreurs dans l’IA, qui devra alors être réentraînée à zéro.

Ainsi, la création de jeux de données solides a été l’objectif de l’entreprise depuis sa création, cherchant à résoudre plusieurs problèmes liés aux données biologiques:

• Données analogiques, des fax aux PDF ou aux impressions numérisées.
• Données cloisonnées, avec peu ou pas d’annotations.
• Recherche difficile à reproduire.

Pour résoudre ces problèmes, Recursion a créé l’un des plus grands laboratoires humides automatisés du monde, et a numérisé des millions de ses propres expériences (2,2 millions d’expériences par semaine).

Il combine laboratoire sec (in‑silico) et laboratoire humide (échantillons biologiques) avec:

• Une bibliothèque de 1,7 million de petites molécules.
• Cultures cellulaires, édition génétique CRISPR, facteurs solubles, virus vivants, etc.
• Un flux de travail robotisé de laboratoire automatisé permettant jusqu’à 2,2 millions d’expériences chaque semaine.
• Microscopes à haut débit et systèmes de séquençage.
• Flux vidéo continus provenant de caméras, enregistrant des mesures holistiques des comportements animaux.
• Ressources informatiques avancées, qui ont généré >21 pétaoctets de données propriétaires à haute dimension.
• Données ADMET (absorption, distribution, métabolisme, excrétion et toxicologie).

Cela crée des jeux de données uniques (et massifs) à tous les niveaux des biosciences « multi‑omics », incluant la protéomique (niveaux de protéines), la transcriptomique (niveaux d’ARNm), la phénomique (morphologie cellulaire), l’ADMET et la « in‑vivonomique » (comportements animaux). L’entreprise envisage également d’ajouter la métabolomique et la génomique à ses jeux de données à l’avenir.

Source: Recursion

(vous pouvez en savoir plus sur l’importance des multi‑omics dans « Multiomics Are The Next Step In Biotechnology »).

Ainsi, alors qu’Exscientia a commencé par étudier les mécanismes biologiques et concevoir un médicament à cet effet, Recursion a plutôt construit de zéro une base de données massive de recherches biologiques standardisées et reproduites.

Recursion a également acquis en mai 2023 les startups précliniques axées sur la chimie des médicaments, Cyclica et Valance, pour un total de 87,5 M$.

Ils possèdent également l’un des superordinateurs les plus rapides du monde pour entraîner leurs LLM et IA pour la découverte de médicaments. Les modèles ont été entraînés sur une bibliothèque de plus de 2 milliards d’images et ont inféré 6 trillions de relations entre toutes les combinaisons possibles de gènes et de composés.

Source: Recursion

Recursion a établi un partenariat avec le leader de l’IA Nvidia (NVDA )  et pourrait mettre à disposition certains de ses modèles d’IA aux partenaires commerciaux via la nouvelle plateforme BioNeMo de NVIDIA. Cela donnera également à Recursion un accès prioritaire aux derniers GPU de NVIDIA via NVIDIA DGX™ Cloud.

L’entreprise a également reçu un investissement de 50 M$ de la part de NVIDIA en juillet 2023.

Le pipeline propriétaire de R&D de Recursion se concentre principalement sur les maladies rares et l’oncologie, avec 3 médicaments candidats en phase 2 d’essais cliniques.

Source: Recursion

Pour des secteurs plus complexes, comme les neurosciences et l’oncologie non ciblable, l’entreprise préfère établir des partenariats avec des sociétés établies dans ces domaines. Par exemple Roche dans les neurosciences et Bayer dans les cibles oncologiques non ciblables et la fibrose.

Au total, l’entreprise envisage 13 Mds $ de jalons potentiels à travers plus de 50 programmes possibles, plus des redevances.

Enfin, l’entreprise a établi des relations pour licencier sa technologie et ses données, notamment lorsque l’échange de données peut être négocié afin d’enrichir les informations que les deux sociétés pourront utiliser à l’avenir.

Image post-fusion

Propriété et gestion

Dans l’ensemble, bien que techniquement une fusion, il semble s’agir en partie d’une acquisition d’Exscientia par Recursion.

La fusion est organisée de sorte que les actionnaires d’Exscientia recevront 0,7729 action ordinaire de classe A de Recursion. Après la fusion, les actionnaires de Recursion détiendront 74 % de l’entreprise combinée et les actionnaires d’Exscientia 26 %.

La transaction devrait être finalisée d’ici le début de 2025.

Le PDG et co‑fondateur de Recursion sera le PDG de l’entité combinée, tandis que le PDG d’Exscientia deviendra le directeur scientifique.

L’emplacement de l’entreprise pourrait toutefois devenir un peu complexe, avec >850 employés répartis sur les nombreux sites hérités à Salt Lake City, Londres, Toronto, Montréal, la région de la baie de San Francisco, Oxford, Boston, Vienne, Dundee et Miami.

Il est probable que des relocalisations et des fusions d’installations soient nécessaires à moyen terme.

R&D fusionnée

Le pipeline R&D fusionné est réparti à parts égales entre l’oncologie et les maladies rares, avec 4 programmes en phase 2 d’essais cliniques.

Source: Recursion

Pour l’avenir de la recherche au sein de l’entreprise, de nombreuses étapes de recherche peuvent être complétées par la fusion des données et des outils d’IA de Recursion et d’Exscientia, notamment aux premiers stades.

Par exemple, le mélange de synthèse chimique automatisée d’Exscientia constitue un ajout solide au plus grand laboratoire humide automatisé du monde de Recursion.

La compréhension approfondie de la biologie et des maladies par Recursion peut également être utilisée pour mieux sélectionner ce qui est utile parmi les millions de composés physiques et les milliards de prédictions de cibles d’Exscientia.

Source: Recursion

En plus de ce pipeline propriétaire, l’entreprise disposera également de 4 grandes collaborations stratégiques (par exemple Roche, Bayer, Sanofi (SNW.DE ) (SNY ), Merck KGaA (MRK.DE )) avec 10 programmes déjà optionnés dans l’oncologie et l’immunologie.

Il est probable que la plus grande diversité de collaborations en cours donnera également à la direction de l’entreprise un certain levier dans les futures discussions de collaborations stratégiques, car elle disposera désormais d’options supplémentaires pour mettre les grandes sociétés pharmaceutiques en concurrence les unes avec les autres.

Source: Recursion

Données financières

Les deux sociétés sont principalement en phase pré-revenus, aucun médicament n’étant encore sur le marché. La trésorerie existante provient de levées de fonds successives et de revenus principalement issus de l’atteinte de jalons dans les programmes de recherche établis avec de grandes sociétés pharmaceutiques.

L’entreprise combinée disposera d’une trésorerie de 850 M$ en liquidités, offrant une marge de manœuvre jusqu’en 2027.

Les deux prochaines années devraient voir jusqu’à 200 M$ de paiements potentiels de jalons pour les succès de R&D. La plupart des programmes de recherche ciblent de grands marchés, la majorité d’entre eux visant plus de >1 Mds $ de ventes en cas de succès.

L’avenir de la découverte de médicaments

Il est de plus en plus évident que l’IA et les mégadonnées seront essentielles pour trouver de nouveaux remèdes et de meilleurs médicaments à l’avenir.

Il devient également très clair, grâce aux LLM et autres initiatives d’IA, que les données sont le maître mot dans ce secteur.

Nous devrions donc nous attendre à ce que des fusions comme celle d’Exscientia & Recursion continuent de se produire à l’avenir. Nous en discutons dans nos articles « Top 10 Biotech Big Data Companies » et « Top 5 AI & Digital Biotech Companies ».

Parmi les autres ensembles de données qui pourraient être utiles à l’avenir pour Recursion, ou d’autres entreprises similaires de découverte de médicaments par IA, on trouve:

• La génomique spatiale, ou l’étude du génome et du transcriptome en 3D, permet la visualisation de l’activité des gènes au niveau cellulaire voire intracellulaire.
  • 10x Genomics est désormais la principale entreprise indépendante du secteur depuis que son concurrent Nanostring a été racheté par Bruker Corporation .
• Modélisation moléculaire basée sur la physique.
  • Schrödinger  (SDGR) est un leader dans la recherche de la meilleure molécule possible pour un objectif donné, en équilibrant des métriques conflictuelles telles que la puissance, la solubilité, la demi‑vie, la synthétisabilité, etc.
• Lecture et séquençage de l’ADN
  • Les entreprises leaders sont Illumina (ILMN), Pacific Biosciences(PACB) et Oxford Nanopore (ONT.L)
• Biologie synthétique, ou l’ingénierie à la demande de nouveaux traits ou organismes à des fins spécifiques, qu’elles soient médicales, biotechnologiques ou industrielles.
  • L’entreprise leader du secteur est Ginkgo Bioworks (DNA).