5 Perusahaan Sequencing Genom Terbaik

Revolusi Genomik dan Multi-omik

Dekoding genom manusia pertama dimulai pada tahun 1990 dan pertama kali tercapai pada tahun 2003. Biayanya juga mencapai $3 Miliar yang luar biasa.

Melompat 20 tahun ke depan, biaya sequencing genom telah turun menjadi $600/genom. Atau penurunan biaya sebesar 5.000.000×! Dan biaya tersebut dapat turun menjadi hanya $200.

Hal ini sepenuhnya mengubah cara kita mendekati genomik dari perspektif medis. Ini memungkinkan terciptanya dan dianalisisnya sejumlah besar data serta setiap orang berpotensi memiliki akses ke pengobatan pribadi yang canggih yang sesuai dengan susunan genetik uniknya.

Dengan genomik menjadi fasilitas medis dasar, perusahaan sequencing genom akan mendapat manfaat dari pasar yang tumbuh cepat dan banyak aplikasi, mulai dari nutrisi dan pencegahan penuaan hingga deteksi kanker dini.

Dan ini belum semuanya. Teknologi yang sama yang digunakan untuk melakukan sequencing DNA genom juga dapat digunakan untuk menciptakan bidang ilmiah baru:

• Metagenomik: sequencing genom bakteri yang hidup di usus kita dan sangat memengaruhi kesehatan kita.
• Transkriptom & Epigenetik: jika genom adalah cetak biru, transkriptom adalah cara cetak biru tersebut digunakan secara praktis dan real‑time. Ini kemungkinan akan sangat relevan untuk memecahkan banyak penyakit tak dapat disembuhkan dan masalah metabolik.
• Agrigenomik: menggunakan genomik untuk meningkatkan hasil pertanian dan produktivitas hewan ternak.
• Studi ekologi: menilai kesehatan ekosistem secara akurat dan  keanekaragaman genetik.
• Biologi Sintetis: Penciptaan gen, sifat, atau seluruh organisme baru dengan tujuan spesifik: misalnya bakteri yang memakan plastik atau alga yang menghasilkan biofuel.

Sumber: PacBio

5 Perusahaan Sequencing Genom Terbaik / Saham

Artikel ini mencakup 5 perusahaan sequencing genom publik terbaik. Artikel ini tidak mencakup perusahaan swasta yang sama relevannya seperti Ultima Genomics atau MGI China. 

1. Illumina, Inc.

Illumina adalah perusahaan genomik terkemuka, jauh terbesar dan paling mapan di industri, dengan pendapatan $1,2 Miliar, yang tumbuh 11 % CAGR dalam 5 tahun terakhir.

Sumber: Illumina

Seperti kebanyakan perusahaan sequencing genom, Illumina menghasilkan uang dengan menjual sequencer, tetapi terutama dengan menjual consumable yang digunakan oleh sequencer, dengan pendapatan per mesin biasanya meningkat seiring waktu karena mesin tersebut digunakan secara penuh.

Model sequencer genom baru perusahaan, NovaSeqX, menjadi hit, dengan 109 pengiriman pada Q2 2023 dan diperkirakan 390 pengiriman untuk tahun 2023. Hal ini mempercepat adopsi sequencing genom massal di antara klien Illumina dengan lebih banyak analisis multi‑omics (menggabungkan beberapa teknik “‑omics”) dan skala yang lebih besar untuk analisis sel tunggal dan spasial.

Ketika membahas Illumina, diperlukan penjelasan panjang tentang aplikasi genomik baru, deteksi kanker dalam sampel darah yang disebut liquid biopsy. Illumina mengerjakan teknologi ini dan kemudian memisahkannya menjadi perusahaan bernama Grail.

Grail sangat sukses dari sisi teknis dan komersial, dengan 7.500 penyedia yang meresepkan tes Grail dan melewati tonggak 100.000 tes yang dilakukan pada Q2 2023. Grail juga mendeteksi 92 % relaps kanker pada 6 jenis kanker darah yang berbeda.

Beberapa tahun kemudian, Illumina akan kembali mengakuisisi perusahaan ini dengan harga jauh lebih tinggi.

Hal ini menimbulkan beberapa masalah. Pertama, otoritas regulasi di AS dan UE mengkhawatirkan risiko monopoli, karena Illumina adalah pemasok mesin sequencing genom bagi banyak pesaing Grail.

Akibatnya, UE menjatuhkan denda €432 Juta. Jika keputusan yang melarang akuisisi ini tidak diselesaikan, “Illumina akan menjual Grail dalam satu tahun jika tidak memenangkan tantangan di pengadilan UE.”

Sumber: Illumina

Serangkaian masalah lain muncul dari kondisi spin‑off Grail yang mahal, penggalangan dana, dan reintegrasi kembali ke Illumina.

Investor aktivis Carl Icahn menyerang dewan perusahaan dan menyiratkan bahwa ada potensi tindakan tidak jujur atau jahat yang dilakukan demi kepentingan orang dalam melawan kepentingan pemegang saham. SEC juga sedang menyelidiki hal ini.

Sejauh ini, CEO telah diganti, satu anggota dewan lain mengundurkan diri, 4 anggota dewan baru diangkat, dan Illumina telah menerbitkan “Stewardship‑Focused Update.” Anda juga dapat membaca lebih lanjut tentang kecurigaan dan tuduhan ini dalam rangkaian artikel oleh Non‑GAAP investing.

Saham perusahaan telah jatuh tajam dari puncaknya pada Juli 2021 hampir 80 %, kembali ke level 2013.

Ini merupakan situasi yang cukup mengejutkan bagi perusahaan besar dan mapan seperti Illumina, terlepas dari seberapa benar tuduhan ini, karena mencerminkan keputusan manajemen yang buruk untuk menjual Grail pada awalnya. Setidaknya, hal ini terbukti menjadi kesalahan yang mahal.

Investor akan ingin menilai apakah mereka siap mengikuti jejak Carl Icahn, investor aktivis legendaris dan kontroversial dengan rekam jejak mengesankan. Dan apakah tata kelola yang buruk selama beberapa tahun terakhir kini sudah sepenuhnya tercermin dalam harga, serta mungkin telah merusak valuasi perusahaan secara berlebihan.

2. 10x Genomics, Inc.

10x Genomics (TXG ) adalah pemimpin dalam biologi spasial, yang mempelajari genom dan transkriptom dalam 3D, memungkinkan visualisasi aktivitas gen pada tingkat seluler atau bahkan intraseluler.

Perusahaan ini didirikan pada tahun 2012, dengan Serge Saxonov di antara para pendirinya, direktur R&D perusahaan tes genom pribadi 23andMe.

10x Genomics tumbuh dengan kombinasi R&D (lebih dari $1 Miliar yang diinvestasikan dalam R&D hingga kini) dan akuisisi. Secara khusus, platform Visium diperoleh melalui akuisisi Spatial Transcriptomics pada tahun 2018.

Sumber: 10x Genomics: timeline akuisisi 10x Genomics

Inilah juga cara 10x Genomics mengakuisisi platform Xenium dengan mengakuisisi Readcoor dan Cartana pada tahun 2020.

Pada tahun 2020, mereka juga meluncurkan platform Chromium, yang diperbarui setahun kemudian menjadi Chromium X.

Melalui akuisisi Tetramer Shop pada tahun 2021, 10x Genomics juga meluncurkan BEAM (Barcode Enabled Antigen Mapping) pada tahun 2022. Ini memungkinkan peneliti mengidentifikasi komponen sistem imun secara detail. Hal ini dapat berdampak besar pada riset imunologi dan penyakit baru.

Pendapatan tumbuh 17 % tahun‑ke‑tahun pada Q2 2023, didorong oleh penjualan Xenium, dengan pencapaian penjualan 100 unit pada Agustus 2023.

Perusahaan juga mendapat kemenangan penting pada September 2023 melawan pesaing utamanya, Nanostring. Nanostring kini dilarang menjual instrumen CosMx Spatial Molecular Imager (SMI) di sebagian besar UE karena melanggar paten 10x Genomics.

Perusahaan masih berada pada tahap awal, agak mirip dengan masa-masa awal Illumina. Untuk saat ini, biologi spasial masih terbatas pada dunia akademik dan riset fundamental. Namun seperti banyak bioteknologi, suatu hari nanti dapat menjadi luas, perlahan menjadi alat medis, dan kemudian menjadi tes “rutin”. Bagaimanapun, kumpulan mesin yang terpasang akan mendorong penjualan consumable dan pertumbuhan pendapatan.

3. Oxford Nanopore Technologies plc (ONT.L)

Oxford Nanopore menggunakan teknologi sequencing genom unik yang bergantung pada flow cell. Teknologi ini memungkinkan DNA “dibaca” saat melewati nanopori, bukan melalui cara kimia melainkan secara langsung dengan mengukur arus listrik. Jadi, dalam arti tertentu, ini pertama kalinya komputer dapat membaca urutan genetik (DNA & RNA) secara real‑time.

Sumber: Oxford Nanopore

Keunggulan unik lain dari teknologi perusahaan adalah dapat membaca urutan genetik yang lebih panjang dibandingkan metode sequencing konvensional. Urutan panjang dan pembacaan real‑time dapat membantu memperoleh hasil yang lebih baik dan lebih cepat, yang penting untuk analisis kanker atau penyakit menular seperti bakteri resisten antibiotik.

Terakhir, pengukuran listrik memungkinkan sequencer yang lebih kecil dan lebih portabel, sebuah peningkatan dibandingkan mesin besar yang digunakan sebelumnya. Ini memungkinkan perusahaan memproduksi beragam sequencer, termasuk yang lebih lambat, lebih kecil, dan jauh lebih murah, mulai dari $1.000. Hal ini dapat memperluas pasar sequencing secara radikal, dengan sequencing seluler atau berbiaya rendah yang sebelumnya tidak memungkinkan.

Pendapatan Oxford Nanopore tumbuh 46 % CAGR dalam 4 tahun terakhir, berkat 7.300 pelanggan pada Q2 2023, di mana 640 di antaranya diperoleh dalam 12 bulan terakhir.

Sumber: Oxford Nanopore

Karena teknologi yang sangat baru ini, belum jelas di mana Oxford akan berada dalam ekosistem sequencing genom yang lebih matang.

Ia berpotensi sepenuhnya menggantikan teknologi incumbent yang membaca genom secara kimia/optik.

Atau ia dapat menjadi aplikasi niche yang sukses untuk sequencing bervolume rendah atau seluler, atau untuk sequencing yang memerlukan pembacaan akurasi tinggi pada urutan genetik yang panjang.

Perusahaan juga berencana memperluas ke pembacaan protein, modifikasi pasca‑translasi protein atau molekul kecil, serta pengukuran lain di ujung terdepan ilmu hayat.

4. Pacific Biosciences of California, Inc.

Dimulai beberapa tahun setelah Illumina, PacBio telah menjadi pemain lebih kecil dalam sequencing genom sejak saat itu. Meskipun berukuran lebih kecil, peralatan perusahaan tetap berada pada tingkat performa tertinggi.

PacBio baru‑baru ini mengakuisisi Omniome pada tahun 2021, memberi keunggulan dalam akurasi untuk membaca urutan genetik yang sangat panjang atau pendek. Keunggulan ini diperkuat dengan akuisisi Apton senilai $110 Juta pada Agustus 2023, yang juga berspesialisasi dalam short‑read, high‑throughput (SR‑HI).

Sumber: PacBio

Sistem Onso PacBio kini mulai dikirim ke pelanggan, dan peluncurannya digambarkan perusahaan sebagai “permulaan terbaik dalam sejarah PacBio”. Sistem ini akan berspesialisasi pada urutan pendek, sementara Revio HiFi System akan dapat membaca urutan panjang dan beroperasi 24/7, memungkinkan pembacaan 1.300 genom manusia penuh per tahun (sekitar 4/hari). Nanti, Revio HiFi akan digantikan oleh sistem HT SBB, yang kemungkinan akan mengintegrasikan teknologi Apton.

PacBio memperkirakan urutan panjang akan tumbuh jauh lebih cepat daripada pasar NGS secara umum dan mengklaim sistemnya 10× lebih akurat dibandingkan kompetitor.

Sumber: PacBio

Menariknya, hal ini juga dapat menurunkan total biaya sequencing genom. Urutan pendek perlu dirakit kembali menjadi satu kesatuan tanpa terlalu teknis. Jadi genom short‑read seharga $500 dapat dengan cepat memerlukan analisis tambahan senilai $1.000 agar benar‑benar berguna sebagai alat diagnostik.

Jadi analisis urutan panjang Revio seharga $950, yang lebih akurat, menghindari langkah tersebut dan menjadi lebih murah untuk aplikasi diagnostik.

Fokus PacBio pada analisis presisi tinggi/urutan panjang harus memberikannya keunggulan dalam diagnostik selama beberapa tahun ke depan. Manajemen PacBio percaya hal ini dapat meningkatkan penetrasi pasar genomik manusia mereka dari 5 % menjadi 10 % dan di onkologi (kanker) dari 1 % menjadi 5 %.

Walaupun PacBio sebagian besar berfokus pada persaingan bertahun‑tahun dengan Illumina, mereka mungkin juga harus bersaing dengan Oxford Nanopore di pasar diagnostik/urutan panjang.

Dengan sejarah menjadi pesaing lebih kecil Illumina, PacBio sedikit menjadi underdog di bidang ini dan bukan startup “menarik” baru. Ini tidak berarti mereka tidak kompetitif, dan jika berhasil menguasai pasar niche yang mereka spesialisasikan, mereka dapat mengejutkan pasar secara positif dengan membedakan diri dari rival historis mereka.

5. NanoString Technologies, Inc.

NanoString diluncurkan pada tahun 2003 untuk memanfaatkan teknologi barcoding molekuler digital yang ditemukan di Seattle Institute for Systems Biology.

Sumber: NanoString

Pada tahun 2008, mereka meluncurkan produk pertama mereka, nCounter, yang merupakan kemajuan besar dalam transkriptomik (studi mRNA). nCounter membawa perusahaan maju sementara mereka mengembangkan langkah selanjutnya. Pada tahun 2019, mereka meluncurkan GeoMx, diikuti oleh CosMx dan platform digital AtoMX.

GeoMx dirancang untuk mempelajari ekspresi RNA dalam jaringan seluruhnya dan juga dapat menganalisis lebih dari 150 protein, lebih banyak target dibandingkan Xenium milik 10x. CosMx Single Molecular Imager (SMI) dapat melihat sel tunggal dan apa yang terjadi di dalamnya untuk RNA serta hingga 64 target protein, dan kemungkinan hingga 120 pada tahun 2024.

Sumber: NanoString

NanoString berperan penting dalam ledakan publikasi ilmiah yang menggunakan biologi spasial. Tidak kurang dari 7.117 publikasi menyebutkan mesin NanoString dari berbagai bidang seperti riset kanker, penyakit menular (termasuk COVID‑19), imunologi, pertanian, atau neurologi.

NanoString terlibat dalam sengketa hukum yang pahit dengan 10x Genomics. Perintah pengadilan terbaru oleh regulator paten UE akan memengaruhi 10 % NanoString jika perusahaan tidak memenangkan bandingnya. Jadi, meskipun bukan pukulan mematikan, ini tetap berita buruk bagi perusahaan muda dengan arus kas negatif.

Pasar jelas khawatir tentang kelangsungan jangka panjang NanoString, dengan saham di bawah $2/saham, turun dari puncak $79 pada 2021, dan harga IPO $9,1/saham pada 2013.

Investor akan ingin menilai rencana perusahaan untuk mencapai profitabilitas pada 2025 dan menentukan apakah penurunan harga berlebihan dan merupakan peluang, mengingat perusahaan telah mengurangi pembakaran kas sebesar 50 % pada Q3 2023.